La Biblioteca de la Academia Colombiana de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales se inició en el año de 1939, coincidiendo con la publicación del primer número de la Revista. El primer material se componía de los libros, revistas y otras publicaciones llegadas en canje; estas publicaciones se fueron complementando con las donaciones de académicos e instituciones amigas. 

La primera sede de la Biblioteca fue el salón central de Observatorio Astronómico, el cual se adapto con una galería con la estantería que albergaba los primeros cinco mil volúmenes de la Biblioteca. En ese momento no figuraban sino libros referentes a las ciencias de que se ha ocupado la Academia. Varios catálogos se publicaron en la Revista de la Academia para su difusión y uso de sus lectores. 

Como una de las gestiones prioritarias de Don Luis Eduardo Mora, Presidente de la Academia, se buscó una Sede para la misma, distinta del Observatorio Astronómico, y se trasladó a las instalaciones del Fondo Cultural Cafetero. A comienzos de 1984 se tomó en arriendo el tercer piso de la Academia Colombiana de la Lengua y se procedió allí a la instalación. A finales del año 2006 se traslada la biblioteca a la sede propia de la Academia en el barrio la Soledad Cra.28A, No.39A.63.

La Biblioteca está en capacidad de obtener, para los miembros de la Academia, copias electrónicas de artículos publicados en numerosas revistas internacionales.

.La Biblioteca cuenta con cerca de 15.000 volúmenes entre libros y folletos, y 2.231 publicaciones periódicas de las cuales solo tres: Scientific American, Science y Nature se reciben por suscripción; las demás son resultado del canje por nuestras publicaciones.