La historia de la Academia Colombiana de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales se remonta a 1823, cuando el General Francisco de Paula Santander, en su primer mandato (el Presidente más joven del país, tenía 27 años de edad cuando Bolívar lo dejó encargado de la Presidencia), creo la Comisión Científica Permanente (o Misión Zea) bajo la dirección de Francisco Antonio Zea (decreto del 22 de julio de 1823 y protocolizada por decreto del 28 de julio de 1823), para establecer un Museo de Ciencias Naturales, una Escuela de Minas y trabajar en armonía con la Universidad Central que Santander también creo, con sedes en Quito, Bogotá y Caracas. Además, encargó a Zea de ir a Europa a traer a varios científicos franceses y de otras nacionalidades entre los que se destacan Jean Bautiste Boussingault (francés) y Mariano Rivero (peruano).

En 1826 el General Santander creó la Academia Nacional de Colombia, que él mismo instaló el 25 de diciembre de ese año, y en 1832, al posesionarse como Presidente de la Nueva Granada – cargo para el cual fue elegido por la Convención Granadina – creó la Academia Nacional de la Nueva Granada, basada en la ley de 18 de marzo de 1826, y la instaló el 6 de enero de 1833. En esa ocasión pronunció las siguientes palabras:

“La Patria os llama por el órgano de gobierno a componer la Academia Nacional de la Nueva Granada. Vuestra comisión se contrae a establecer el imperio de la verdad en esta naciente República, afianzarlo y conservarlo perpetuamente.

Vuestras luces y vuestro patriotismo me inspiran la más fundada esperanza de que os dedicareis asiduamente a corresponder el bello encargo que la Patria os confía. Ya que somos tan dichosos de que algunos de nuestros primeros guías en la carrera de la Independencia y de la Libertad escapasen del estrago general causado por la cuchilla española, y de que la discordia civil respetase los preciosos renuevos que 22 años de sacrificios han fecundado, debemos marchar con el siglo, concurriendo a comunicar a nuestros compatriotas las verdades útiles, que hacen desarrollar la civilización intelectual, industrial y política”

En 1867, por ley del 22 de septiembre, el Presidente Santos Acosta creó la Universidad Nacional, que fue organizada por el decreto orgánico del 13 de enero de 1868 (la Universidad celebra 150 años en 2018). Una de sus seis escuelas era la de Ciencias Naturales.

En 1871 se organizó la Sociedad de Naturalistas Colombianos que fue la base para que el Presidente Eustorgio Salgar estableciera, a través del decreto ejecutivo de 30 de agosto de ese año que complementaba el decreto orgánico de 1868, la Academia Nacional de Ciencias Naturales al amparo de la Universidad Nacional y su Escuela de Ciencias Naturales.